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制作网站目录的一个总的原则，是希望通过最少层级的设计来展现最清晰的、简便的内容框架。所以网站目录应该遵循以下这几条原则：

1、 分类原则

文件的存档应该有所依据，例如可以根据其类别、功能以及优先级来分类存档。所以如果一股脑地将所有的文件全部放在一个目录下是不可取的。制作网站的根目录的原则是，只存档主页的文件以及一些统计类的文件，其它的文件都不得放入这个根目录。其它例如图片、数据库文件等都要相应建立自己的分类目录，而给目录起一个简明扼要的名字就可以了。

2、 依据主页的栏目分类来设置目录结构

制作网站的目录要尽量根据网站的栏目分类来建立相应的子目录，然后再把文件放入对应的目录里。

3、 目录的层级越少越好

建议只建立3层以下的层级目录，这样才能保证目录的清晰与规整，也方便日后的维护工作。

4、 数据库文件的处理

数据库的文件因为比较特殊，所以建议单独放置，然后通过一些权限才能进入和访问。

5、 目录的权限配置

有时候，制作网站的静态内容居多时，就可以给它的目录内容设为只读？而交互性强的目录则要根据其功能配置相应的权限。

6、 图片的存放

因为很多网站的规模都很庞大，所以在制作网站的初期就要根据其栏目的子栏目的应用情况来建立目录，然后再其目录下再建设专门放置图片的目录。